Synthesis of systematic resources

Project: Onderzoek

Stoffelen, Piet (Participant)
Bogaerts, Ann (Participant)
De Smedt, Sofie (Participant)
Groom, Quentin J. (Participant)
Leliaert, Frederik (Participant)
Janssens, Steven B. (Participant)
Mergen, Patricia (Participant)
Dessein, Steven (Participant)
Trekels, Maarten (Participant)
Huybrechts, Pieter (Participant)
Dillen, Mathias (Participant)
Verstraete, Brecht (Participant)

Plantentuin Meise / Agentschap Plantentuin Meise

Beschrijving

European natural history collections are a critical infrastructure for meeting the most important challenge humans face over the next 30 years – mapping a sustainable future for ourselves and the natural systems on which we depend – and for answering fundamental scientific questions about ecological, volutionary, and geological processes. Since 2004 SYNTHESYS has been an essential instrument supporting this community, underpinning new ways to access and exploit collections, harmonising policy and providing significant new insights for thousands of researchers, while fostering the development of new approaches to face urgent societal challenges. SYNTHESYS+ is a fourth iteration of this programme, and represents a step change in evolution of this community. For the first time SYNTHESYS+ brings together the European branches of the global natural science organisations (GBIF, TDWG, GGBN and CETAF) with an unprecedented number of collections, to integrate, innovate and internationalise our efforts within the global scientific collections community. Major new developments addressed by SYNTHESYS+ include the delivery of a new virtual access programme, providing digitisation on demand services to a significantly expanded user community; the construction of a European Loans and Visits System (ELViS) providing, for the first time, a unified gateway to accessing digital, physical and molecular collections; and a new data processing platform (the Specimen Data Refinery), applying cutting edge artificial intelligence to dramatically speed up the digital mobilisation of natural history collections. The activities of SYNTHESYS+ form a critical dependency for DiSSCo - the Distributed System of Scientific Collections, which is the European collection communities ESFRI initiative. DiSSCo will undertake the maintenance and sustainability of SYNTHESYS+ products at the end of the programme.

Acroniem	SYNTHESYS PLUS
Status	Voltooid
Effectieve start/einddatum	1/02/19 → 31/01/23

Prijzen

GBIF Ebbe Nielsen Challenge
Trekels, Maarten (!!Recipient), 20-okt.-2020
Prijs: Onderscheidingen

Publicaties

Permits, contracts and their terms for biodiversity specimens
K. Schiller, E., Wiltschke-Schrotta, K., Häffner, E., Buschbom, J., Leliaert, F., M. Zimkus, B., B. Dickie, J., R. Gomes, S., H.C. Lyal, C., Mulcahy, D., Paton, A. & Droege, G., 2024, In: Research Ideas and Outcomes. 10, e114366.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A2: Artikel in een internationaal wetenschappelijk tijdschrift met peer review, dat niet inbegrepen is in A1 › peer review
Genetic characterization of a group of commercial African timber species: From genomics to barcoding
Mascarello, M., Lachenaud, O., Amalfi, M., Smets, E., Hardy, O. J., Beeckman, H. & Janssens, S. B., 1-apr.-2023, In: PLOS ONE. 18, 4, e0284732.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Advancing the catalogue of the world’s natural history collections
Hobern, D., Paul, D. L., Robertson, T., Groom, Q., Thiers, B., Asase, A., Luo, M., Semal, P., Woodburn, M. & Zschuschen, E., 9-okt.-2020, TDWG 2020, Biodiversity Information Science and Standards. Vol. 4. (Biodiversity Information Science and Standards).
Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/Congresprocedure › C3: Congres abstract › peer review
Collections do not have to Remain Ambiguous Forever: Seven steps to getting the correct people into your data
Groom, Q. J., Bräuchler, C., Cubey, R., Dillen, M., Huybrechts, P., Kearney, N., Leachman, S., Paul, D. L., Rogers, H., Santos, J., Shorthouse, D., Vaughan, A., Mering, S. V. & Haston, E., 2022, In: Biodiversity Information Science and Standards.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Abstract van een congres in een tijdschrift
Uniquely Identifying Collectors of Specimens
Groom, Q., Dillen, M. & Huybrechts, P., 13-jun.-2019, Biodiversity Next 2019 . blz. e37013 (Biodiversity Information Science and Standards).
Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/Congresprocedure › C3: Congres abstract
People are essential to linking biodiversity data
Groom, Q. J., Güntsch, A., Huybrechts, P., Kearney, N., Leachman, S., Nicolson, N., Page, R., Shorthouse, D., Thessen, A. & Haston, E., 27-nov.-2020, In: Database.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
A protocol for adding knowledge to Wikidata, a case report
Waagmeester, A., Willighagen, E. L., Su, A. I., Kutmon, M., Gayo, J. E. L., Fernández-Álvarez, D., Groom, Q., Schaap, P. J., Verhagen, L. M. & Koehorst, J. J., 2020, In: bioRxiv.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A4: Artikel in een tijdschrift niet inbegrepen in A1, A2 of A3
Developing the Protocol Infrastructure for DNA Sequencing Natural History Collections
Ferrari, G., Esselens, L., L Hart, M., Janssens, S., Kidner, C., Mascarello, M., V Peñalba, J., Pezzini, F., Rintelen, T. V., Sonet, G., Vangestel, C., Virgilio, M. & M Hollingsworth, P., 2023, In: Biodiversity Data Journal. 11, e102317.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Milestone 53 : VA (Virtual Access) Call 1 progress monitoring
Trekels, M., Mergen, P., Chatzinikolaou, E., Knapp, S., Gorman, K., Wilson, S. & Keklikoglou, N., 21-jan.-2021
Onderzoeksoutput: Boek/rapport › Rapport
SYNTHESYS+ Virtual Access - Report on the Ideas Call (October to November 2019)
Hardy, H., Knapp, S., Allan, E. L., Berger, F., Dixey, K., Döme, B., Gagnier, P-Y., Frank, J., MargaretHaston, E., Holstein, J., Kiel, S., Marschler, M., Mergen, P., Phillips, S., Rabinovich, R., Chillón, B. S., VSorensen, M., Thines, M., Trekels, M., Vogt, R., & 2 anderenWilson, S. & Wiltschke-Schrotta, K., 24-jan.-2020, In: Research Ideas and Outcomes. 6, blz. e50354 e50354.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A2: Artikel in een internationaal wetenschappelijk tijdschrift met peer review, dat niet inbegrepen is in A1 › peer review
Towards a Roadmap for Advancing the Catalogue of the World’s Natural History Collections
Hobern, D., Livermore, L., Vincent, S., Robertson, T., Miller, J., Groom, Q. & Grosjean, M., 2022, In: Research Ideas and Outcomes. 8, blz. e98593
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel
D2.3 CATALOGUE AND RECOMMENDATIONS FOR THE DEVELOPMENT OF A PROACTIVE, EFFICIENT AND EVOLVING DISSCO TRAINING PROGRAMME
Castelin, M., Blettery, J., Paleco, C., Rey, I., Santos, C., Babocsay, G., Mergen, P., Giere, P., Akkari, N., Schiller, E., Schweiger, S., Wiltschke-Schrotta, K., Holtstam, D., Langhof, J., Fulcher, T., Paton, A., Smirnova, L., Theeten, F., Aronsson, H., Obst, M., & 4 anderenBoer, H. J. D., Van Steenberge, M., Casino Rubio, A. & J Tilley, L., 30-apr.-2021, 87 blz.
Onderzoeksoutput: Boek/rapport › Rapport
D2.2 JOINT DASHBOARD OF COLLECTIONS ASSESSMENT TOOLS
J Tilley, L., Woodburn, M., Vincent, S., Casino Rubio, A., Addnik, W., Berger, F., Bogaerts, A., De Smedt, S., Islam, S., Mergen, P., Nivart, A., Papp, B., Petersen, M., Santos, C., Schiller, E., Semal, P., Smith, V. & Wiltschke-Schrotta, K., 17-sep.-2020, 57 blz.
Onderzoeksoutput: Boek/rapport › Rapport
Does Biodiversity Informatics [love] Wikidata?
Groom, Q. J. & Paul, D., 22-feb.-2020
Onderzoeksoutput: Andere bijdrage › Online publicatie - Web publicatie
A botanical demonstration of the potential of linking data using unique identifiers for people
Güntsch, A., Groom, Q. J., Ernst, M., Holetschek, J., Plank, A., Röpert, D., Fichtmüller, D., Shorthouse, D., Hyam, R., Dillen, M., Trekels, M., Haston, E. & Rainer, H., 14-dec.-2021, In: PLOS ONE. e0261130.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Ten simple rules for making a software tool workflow-ready
Brack, P., Crowther, P., Soiland-Reyes, S., Owen, S., Lowe, D., Williams, A. R., Groom, Q., Dillen, M., Coppens, F., Grüning, B., Eguinoa, I., Ewels, P. & Goble, C., mrt.-2022, In: PLoS computational biology. 18, 3, e1009823.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Connecting molecular sequences to their voucher specimens
Groom, Q. J., Dillen, M., Huybrechts, P., Johaadien, R., Kyriakopoulou, N., Fernandez‬, F. J. Q., Trekels, M. & Wong, W. Y., 1-mrt.-2021, BioHackrXiv.
Onderzoeksoutput: Andere bijdrage
Reducing the Pain of Getting your Backlog Published
Grant, S., Jones, J., Webbink, K. & Trekels, M., 1-okt.-2020, In: Biodiversity Information Science and Standards. blz. e59183 e59183.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Abstract van een congres in een tijdschrift › peer review
Using Crowd-curation to Improve Taxon Annotations on the Wikimedia Infrastructure
Waagmeester, A., Mietchen, D., Leachman, S. & Groom, Q., 18-jun.-2019, Biodiversity Next 2019. Vol. 3. blz. e35216 (Biodiversity Information Science and Standards).
Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/Congresprocedure › C3: Congres abstract
SYNTHESYS+ Deliverable 3.3 best practices for using the GGBN data standard to provide restriction and loan information handbook
Schiller, E., Wiltschke, K., Häffner, E., Leliaert, F., Zimkus, B., Dickie, J., Gomes, S., C. Lyal, C. H., Mulcahy, D., Paton, A. & Droege, G., 2023, 177 blz.
Onderzoeksoutput: Boek/rapport › Rapport
Advances in biodiversity information standards and processes (deliverable 4.1)
Trekels, M., Groom, Q. J., Güntsch, A., Hyam, R., Sanchez Ruiz, M., von Mering, S., Weiland, C. & Woodburn, M., okt.-2022
Onderzoeksoutput: Boek/rapport › Rapport
Systematic Design of a Natural Sciences Collections Digitisation Dashboard
J. Tilley, L., Woodburn, M., Vincent, S., Casino Rubio, A., Addink, W., Berger, F., Bogaerts, A., Smedt, S. D., French, L., Islam, S., Mergen, P., Nivart, A., Papp, B., Petersen, M., Santos, C., K. Schiller, E., Semal, P., S. Smith, V. & Wiltschke, K., 29-feb.-2024, In: Research Ideas and Outcomes. 10, e118244, blz. 1-28 28 blz., e118244.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review
Genome skimming reveals novel plastid markers for the molecular identification of illegally logged African timber species
Mascarello, M., Amalfi, M., Asselman, P., Smets, E., Hardy, OJ., Beeckman, H. & Janssens, SB., 2021, In: PLOS ONE. 16, 6, blz. e0251655 e0251655.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections
Groom, Q., Dillen, M., Addink, W., H. Ariño, A. H., Bölling, C., Bonnet, P., Cecchi, L., Ellwood, E. R., Figueira, R., Gagnier, P-Y., M Grace, O., Güntsch, A., Hardy, H., Huybrechts, P., Hyam, R., J. Joly, A. A., Kommineni, V. K., Larridon, I., Livermore, L., Lopes, R. J., & 16 anderenMeeus, S., A. Miller, J., Milleville, K., Panda, R., Pignal, M., Poelen, J., Ristevski, B., Robertson, T., C Rufino, A., Santos, J., Schermer, M., Scott, B., Chantre Seltmann, K., Teixeira, H., Trekels, M. & Gaikwad, J., 30-nov.-2023, In: Biodiversity Data Journal. 11, blz. e109439
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A2: Artikel in een internationaal wetenschappelijk tijdschrift met peer review, dat niet inbegrepen is in A1 › peer review
Latimer Core: A new data standard for collection descriptions
Woodburn, M., Buschbom, J., Droege, G., Grant, S., Groom, Q. J., Jones, J., Trekels, M., Vincent, S. & Webbink, K., 2022, In: Biodiversity Information Science and Standards.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Abstract van een congres in een tijdschrift
Describing Living Collections and Specimens
Mergen, P., Trekels, M., Leliaert, F., Woodburn, M., Droege, G., Margaret Haston, E., N. Cubey, R. W. & Häffner, E., 31-aug.-2021. 1 blz.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan congres › C3: Congres - Meeting abstract › peer review
How do you Develop a Data Standard? Wikibase might be the Solution…
Trekels, M., Woodburn, M., Paul, D. L., Grant, S., Webbink, K., Jones, J. & Groom, Q., 9-okt.-2020, In: Biodiversity Information Science and Standards. 4, blz. e59211
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Abstract van een congres in een tijdschrift › peer review
Unity in Variety: Developing a collection description standard by consensus
Woodburn, M., Paul, D. L., Addink, W., Baskauf, S. J., Blum, S., Chapman, C., Grant, S., Groom, Q., Jones, J., Petersen, M., Raes, N., Smith, D., Tilley, L., Trekels, M., Trizna, M., Ulate, W., Vincent, S., Walls, R., Webbink, K. & Zermoglio, P., 9-okt.-2020, In: Biodiversity Information Science and Standards. blz. e59233
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Abstract van een congres in een tijdschrift › peer review
A Data Standard for Dynamic Collection Descriptions
Woodburn, M., Droege, G., Grant, S., Groom, Q. J., Jones, J., Trekels, M., Vincent, S. & Webbink, K., 3-sep.-2021, A Data Standard for Dynamic Collection Descriptions.
Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/Congresprocedure › C3: Congres abstract › peer review
Landscape Analysis for the Specimen Data Refinery
Walton, S., Livermore, L., Bánki, O., Cubey, R., Drinkwater, R., Englund, M., Goble, C., Groom, Q., Kermorvant, C. & Rey, I., 14-aug.-2020, In: Research Ideas and Outcomes. 6, blz. e57602 e57602.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A2: Artikel in een internationaal wetenschappelijk tijdschrift met peer review, dat niet inbegrepen is in A1
A protocol for adding knowledge to Wikidata: aligning resources on human coronaviruses
Waagmeester, A., Willighagen, E. L., Su, A. I., Kutmon, M., Gayo, J. E. L., Fernández-Álvarez, D., Groom, Q., Schaap, P. J., Verhagen, L. M. & Koehorst, J. J., 22-jan.-2021, In: BMC Biology. 19, 1, blz. 12 1 blz.
Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Progress in Authority Management of People Names for Collections
Groom, Q., Brown, J., Georgiev, T., Kearney, N., Marcer, A., Nicolson, N., Phillips, S., Rainer, H., Riccardi, G., Röpert, D. & Haston, E., 13-jun.-2019, Biodiversity Next 2019. Vol. 3. blz. e35074 (Biodiversity Information Science and Standards).
Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/Congresprocedure › C3: Congres abstract

Projecten

DiSSCo Prepare
Groom, Q. J., De Smedt, S., Mergen, P., Dillen, M. & Pijls, S.
1/02/20 → 31/01/23
Project: Onderzoek
DiSSCo : Scientific Collections unlocked !
Mergen, P., Leliaert, F., Stoffelen, P., Groom, Q. J., Janssens, S. B., Dessein, S., Vandepitte, L., Vander Mijnsbrugge, K. & Pereboom, Z.
1/01/19 → 31/12/20
Project: Onderzoek
DiSSCo Flanders: Towards a collection management infrastructure for Flanders
Mergen, P., Trekels, M., Leliaert, F., Groom, Q. J., Bogaerts, A., De Smedt, S., Meeus, S., Dillen, M., Huybrechts, P., Engledow, H., Tack, W., Dessein, S., Triest, L., Vanpaemel, G., Verstockt, S., van Diggelen, R., Hostens, K., Mees, J., De Wever, A., Dugardin, C., Pereboom, Z., De Nolf, M., Abraham, L. & Breugelmans, L.
1/01/21 → 31/12/24
Project: Onderzoek
BiCIKL: Biodiversity Community Integrated Knowledge Library
Groom, Q. J., Dillen, M., Meeus, S., Mergen, P. & Huybrechts, P.
1/05/21 → 30/04/24
Project: Onderzoek